Yayasan Bahtera menyelenggarakan berbagai aktivitas penunjang pembelajaran, baik di dalam maupun di luar kelas. Kegiatan seperti pembiasaan ibadah pagi, kerja kelompok, praktikum, outing class, serta lomba-lomba menjadi bagian dari proses pendidikan yang membentuk siswa aktif, mandiri, dan berkarakter. Setiap aktivitas dirancang untuk menumbuhkan semangat belajar, rasa tanggung jawab, dan keterampilan sosial siswa.